Et le gagnant est…

En novembre 2017, nous avons annoncé un défi en génomique consistant à financer un projet de recherche sur les utilisations innovantes du séquençage passe-bas - la technologie à la base de Gencove. Nous avons été très enthousiasmés par l’énorme réponse que nous avons reçue et par la diversité des projets qui nous ont été envoyés. Après des heures de débat, le comité interne a décidé que la décision était trop difficile. Il y avait tout simplement trop de propositions intéressantes! Au final, nous avons sélectionné deux lauréats: Gyaneshwer Chaubey de l’Université hindoue de Banaras, en Inde, et Cristian Capelli de l’Université d’Oxford, au Royaume-Uni.

Gyaneshwer Chaubey et Gencove vont séquencer les génomes de la minorité indienne Parsi. Il soupçonne que la population de Parsi de 57 000 habitants est très homogène en raison de la coutume de l'endogamie, qui suggère un nombre limité de fondateurs. Gyaneshwer n'est pas seulement intéressé à décrire les fondateurs distincts de la société Parsi (histoire de la génomique, structure des mélanges), mais il souhaite également concevoir un panel de dépistage génétique pour les maladies courantes prévalant chez les Parsis. Le séquençage passe-bas de plusieurs centaines d’individus par Gencove permettra d’identifier des variantes génétiques communes, qui peuvent être associées à une vaste base de données de phénotypes Parsi.

Gyaneshwer Chaubey traitant des échantillons d'ADN

Cristian Capelli souhaite comprendre comment le microbiome de la salive humaine évolue dans l’espace, la culture et la constitution génétique de l’hôte. Afin d'étudier le rôle de l'alimentation et de l'environnement, Cristian, avec Gencove, séquencera l'ADN de la salive d'individus appartenant à des populations d'Afrique australe. Ils partagent tous un fond génétique commun mais ont des stratégies de subsistance différentes (agriculteurs ou éleveurs) ou vivent dans des régions différentes (la Namibie et le Lesotho dans deux zones écologiques différentes, hautes et basses terres). Il a été démontré que le microbiome intestinal diffère selon les groupes géographiquement proches explorant différents régimes. Cristian testera si les communautés microbiennes de salive sont également influencées par les variations de régime. L’utilisation des données de la séquence du génome complet offrira l’occasion de comparer les affinités et les différences entre les groupes dans leur composition taxonomique microbienne et leur profil métabolique.

Cristian Capelli et son groupe collectent des échantillons en Namibie

Les deux projets tirent parti des caractéristiques uniques de la technologie de séquençage passe-bas de Gencove - la possibilité de découvrir de nouvelles variantes de la population Parsi et la présence de lectures de séquençage à partir du microbiome de la bouche pour le projet en Afrique australe.

Les deux chercheurs mettront leurs données à la disposition de la communauté scientifique.

D'autres projets fantastiques nous ont été envoyés. De nombreuses recherches ont voulu utiliser le séquençage passe-bas pour étudier la génétique d'une maladie et nous avons reçu plusieurs mémoires sur l'exploration du lien entre le microbiome de la bouche, les mitochondries, le génome et l'environnement. Plusieurs projets ont également porté sur l’étude de la génomique des populations peu étudiées et les applications futures du diagnostic. Une soumission a suggéré d'utiliser le séquençage passe-bas pour évaluer la variation du nombre de copies dans les tumeurs. En ce qui concerne les études non humaines, l’identification des souches de levure optimales pour la production de biocarburants était notre préférée.

Faciliter ce type de recherche est exactement la raison pour laquelle nous avons lancé Gencove!

Comme pour tout cadeau, il y avait aussi des propositions de pure science-fiction, mais nous vous félicitons pour votre imagination! Après avoir peaufiné certains détails, certains d’entre eux pourraient être admissibles à une nouvelle soumission à notre prochain défi.